Ένα ακόμα σοβαρότατο πρόβλημα με τα πυρηνικά εργοστάσια, είναι η αποθήκευση των αποβλήτων που παράγουν αυτα.
Στην αρχή,στην καρδιά του αντιδραστήρα υπάρχουν τα στοιχεία καυσίμου,ο επιβραδυντής και το ψυκτικό μέσο.
Με την πάροδο του καιρού,το ποσοστό εμπλουτισμού των στοιχείων καυσιμου σε σχασιμο ουράνιο πέφτει και ετσί η ισχύς του αντιδραστήρα μειώνεται και σηματοδοτείται ή ωρα για την αλλαγή του καυσίμου...Οι ραβδοι αυτοί,την στιγμη της εξόδου ειναι
απελπιστικα ραδιενεργοι.
Ακόμα,μετά απο την πάροδο κάποιου χρονικού διαστηματος (30-40 χρονια) ο αντιδραστηρας σταματάει την λειτουργία του,καθώς ο
ίδιος εκπέμπει μεγάλα ποσά ραδιενέργειας(αυτό συμβαίνει κάθως τα υλικά κατασκευής του έχουν ''ενεργοποιηθεί μετα την σύλληψη νετρονίων των σχάσεων)
Συνεπώς ακόμα και χωρίς να γίνει κάποιο πυρηνικό ατύχημα στο εργοστάσιο παραγωγής,κάλλιστα μπορεί να υπάρξει διαρροή ραδιενεργού υλικού κατα την μεταφορά και αποθήκευση των δυο παραπάνω πυρηνικών αποβλήτων.